ความเสี่ยงที่ใหญ่ที่สุดของพันธบัตรและการลงทุนตราสารหนี้อื่น ๆ ได้แก่ ความเสี่ยงจากอัตราดอกเบี้ยความเสี่ยงด้านเครดิตและความเสี่ยงด้านเงินเฟ้อ มีความเสี่ยงอื่น ๆ ที่ต้องคำนึงถึงเช่นความเสี่ยงในการโทร แต่จะใช้เฉพาะในบางสถานการณ์เท่านั้น
ตามกฎแล้วราคาพันธบัตรและอัตราดอกเบี้ยจะแปรผกผันกันและกัน ราคาพันธบัตรมักร่วงลงเมื่ออัตราดอกเบี้ยปรับตัวสูงขึ้นเนื่องจากพันธบัตรใหม่ที่มีอัตราดอกเบี้ยสูงขึ้นมักจะออกหากอัตราดอกเบี้ยสูงกว่า ตัวอย่างเช่นถ้านักลงทุนซื้อพันธบัตรที่มีอัตราดอกเบี้ย 3% เมื่ออัตราดอกเบี้ยในตลาดอยู่ที่ 3% และพยายามขายเมื่ออัตราดอกเบี้ยในตลาดสูงขึ้นถึง 4% เขาจะได้รับราคาที่ต่ำกว่าที่เขาจะได้รับถ้าอัตราดอกเบี้ย ไม่ได้เพิ่มขึ้น
เนื่องจากพันธบัตรเป็นรูปแบบตราสารหนี้ผู้ถือตราสารหนี้จึงเสี่ยงต่อการผิดนัดลูกหนี้ สถาบันจัดอันดับความน่าเชื่อถือของมู้ดดี้และสแตนดาร์ดแอนด์พัวร์และสถาบันจัดอันดับความน่าเชื่อถืออื่น ๆ ประกาศอันดับเครดิตที่ประเมินความเป็นไปได้ที่จะผิดนัดในแต่ละพันธบัตรในตลาด มีสองแผนกหลักคือเกรดการลงทุนและเกรดที่ไม่ลงทุน พันธบัตรเกรดที่ไม่ก่อให้เกิดรายได้มีความเสี่ยงด้านเครดิตสูงกว่า แต่มักมีผลตอบแทนสูงกว่าเพื่อชดเชย
อัตราเงินเฟ้ออาจเป็นอันตรายต่อนักลงทุนในตราสารหนี้ที่มีอัตราดอกเบี้ยคงที่ ในกรณีของเงินเฟ้อมูลค่าที่แท้จริงของจำนวนนี้ลดลงและนักลงทุนอาจสูญเสียเงินจากการลงทุนตราสารหนี้ วิธีที่ง่ายที่สุดในการรับมือกับความเสี่ยงจากอัตราเงินเฟ้อคือการลงทุนในหุ้นกู้ที่ได้รับการป้องกันจากอัตราเงินเฟ้อของสหรัฐ (TIPS) เงินต้นของพันธบัตรดังกล่าวได้รับการปรับปรุงเมื่อมีการจ่ายเงินให้กับผู้ถือตราสารหนี้