ผู้ถือหุ้นใช้หลักการของทฤษฎีหน่วยงานที่มีผลต่อการบริหารจัดการองค์กรโดยการควบคุมการตัดสินใจโดยอาศัยความสนใจของตนเอง กระบวนการนี้มีผลต่อนโยบายของ บริษัท ในการเพิ่มผลประโยชน์ของผู้มีส่วนได้เสียโดยการส่งเสริมความสัมพันธ์กับหน่วยงานระหว่างผู้ถือหุ้นและคณะกรรมการบริหารขององค์กรที่ทำหน้าที่เป็นตัวแทน
ทฤษฎีของหน่วยงานสมมุติฐานว่าเอนทิตีหลักใช้และชี้นำให้ตัวแทนทำธุรกิจแทน ตัวแทนอาจถูกกำกับเพื่อระดมทุนจัดการสินทรัพย์ขององค์กรและรับผิดชอบต่อการเติบโตและผลกำไรขององค์กร ผู้ถือหุ้นรายใหญ่ทำหน้าที่หลักในการกำกับดูแลและมีอิทธิพลต่อทิศทางที่คณะกรรมการบริหารต้องใช้เพื่อบรรลุเป้าหมายที่กำหนดไว้ ทฤษฎีหน่วยงานระบุว่าทั้งสองหน่วยงานในความสัมพันธ์นี้ทำหน้าที่ในความสนใจตนเอง ผู้ถือหุ้นมีส่วนได้ส่วนเสียเพื่อให้เกิดผลตอบแทนสูงสุดจากการลงทุนและการควบคุมกิจกรรมขององค์กร คณะกรรมการบริหารทำหน้าที่เป็นผู้มีส่วนได้ส่วนเสียเพื่อรักษาความสามารถในการชำระหนี้และต่อยอดกิจกรรมของธุรกิจเพื่อสร้างความมั่นใจในการจ้างงานและมีส่วนร่วมในการทำกำไรของกิจการ
ความท้าทายประการหนึ่งสำหรับผู้ถือหุ้นโดยใช้ทฤษฎีของหน่วยงานที่มีผลต่อการตัดสินใจในการบริหารจัดการคือความขัดแย้งทางธรรมชาติที่น่าสนใจซึ่งมีอยู่ในความสัมพันธ์ของเอเจนซี ความสนใจของทั้งสองฝ่ายอาจทำให้เกิดการหยุดชะงักหรือสถานการณ์ที่หน่วยงานไม่ปฏิบัติตามคำสั่งของผู้ถือหุ้น ตัวอย่างเช่น บริษัท ที่ได้รับคำแนะนำเพื่อให้มั่นใจว่าการเพิ่มรายได้ของหุ้นมีโอกาสที่จะ จำกัด รายได้เหล่านั้น การตัดสินใจนี้อาจนำไปสู่การสูญเสียเอเจนซี่ - สถานการณ์ที่ตัวแทนไม่ใช้ผลประโยชน์สูงสุดของเงินต้น